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2.4 PPI网络构建及分析
CPhGs治疗HCC的靶点蛋白PPI网络,见图3A,该网络涉及173个节点,2202条边。度值中位数为20,根据度值大于中位数2倍筛选出核心网络蛋白29个,见图3B,包括ALB、AKT1、EGFR、MAPK1、IGF1、SRC、CASP3、MMP9、 HRAS、HSP90AA1、MAPK8、ESR1、MMP2、RHOA、MAPK14、ANXA5、 CAT、MDM2、KDR、PIK3R1、CDC42、MAP2K1、STAT1、GRB2、AR、IL2、 NOS3、IGF1R、JAK2。以上靶点在PPI网络中的位置,表明其在CPhGs 治疗HCC中可能发挥重要作用。
图3A CPhGs治疗HCC潜在作用靶点之间的相互作用网络
2.5GO分类富集分析和KEGG通路富集分析
将筛选出的29个关键靶点进行 GO和KEGG 富集分析,得到生物过程(Biological Process,BP)65条,主要包括蛋白质磷酸化,细胞增殖、迁移、凋亡,肾上腺素信号通路等:细胞组成(Cellular Components,CC)18条,主要与细胞质,细胞间连接,细胞内外基质等有关;分子功能(Molecular Function,MF)23条,主要与蛋白激酶活性、蛋白质结合、酶结合等有关,见图4,以上数据P值均小于0.05。
通过KEGG 富集得到92条信号通路(P<0.05),主要涵盖癌症信号通路(hsa05200:Pathways in cancer)、癌症蛋白聚糖通路(hsa05205:Proteoglycans in cancer)、PI3K-Akt信号通路(hsa04151:PI3K-Akt signaling pathway)、RAS信号 通路(hsa04014:Ras signaling pathway)、FoxO 信号通路(hsa04068:FoxO signaling pathway)、血管内皮生长因子信号通路(hsa04370:VEGF signaling pathway)等,排名前20的通路,见图5。
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